Причина

Часть проекта была выгружена как частичный проект <x>. Затем из этого выгруженного частичного проекта был выгружен другой частичный проект. При загрузке частичного проекта <x> обратно в первоначальный проект он удаляется. При этом проект, выгруженный из частичного проекта <x>, сохраняется, но больше не подлежит загрузке.

Решение

1. Запустите любой контрольный прогон, чтобы удалить сообщение.
2. Загрузите частичные проекты в обратном порядке (как они были выгружены).